Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Nomor 06 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri (UIN) Syarif Hidayatullah Jakarta, Bagian Kerjasama dan Kelembagaan  adalah unit organisasi yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Biro Administrasi Akademik, Kemahasiswaan dan Kerjasama yang mempunyai tugas melaksanakan administrasi kerjasama, pengembangan kelembagaan, dan pembinaan PTAIS.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud di atas, Bagian Kerjasama dan Kelembagaan menyelenggarakan fungsi:

  1. penyiapan dan pelaksanaan administrasi kerjasama;
  2. pengembangan kelembagaan;
  3. pelaksanaan administrasi pembinaan PTAIS;
  4. koordinasi dan penyusunan Memorandum of Understanding (MoU) dan Perjanjian Kerjasama (PKS);
  5. pelaksanaan tugas lain yang diberikan Kepala Biro AAKK dan Wakil Rektor Bidang Kerjasama.